卧龙自然保护区位于阿坝藏族羌族自治州汶川县西南部，地理坐标为东经102°52′～103°24′、北纬30°45′～31°25′，始建于1963年，是以保护大熊猫等珍稀野生动植物和高山森林生态系统为主的综合性国家级自然保护区，保护管理面积20万公顷。1975年升格为国家级，1978年收归林业部管理，1979年加入联合国教科文组织“人与生物圈”保护区网，2006年列入《世界自然遗产名录》。

1983年，建立四川省汶川卧龙特别行政区，下辖卧龙和耿达两个民族乡（镇）。保护区隶属国家林业局，特区隶属四川省政府，特区、保护区管理局实行“两块牌子、一套班子、合署办公”的管理体制，国家林业局、四川省政府均委托省林业厅代管。保护区（特区）设有资源保护、财政、旅游、公安分局等16个职能部门和卧龙镇、耿达乡政府；下设中国保护大熊猫研究中心、特区中学2个事业单位。

保护区坚持“重保护、强科研、保稳定、创一流”的方针，把野生动植物保护及自然保护区建设工作放在首位，不断提高管理和科研水平。到2005年，全区已实现连续32年无森林火灾，森林覆盖率超过57％，植被覆盖率达到98％。中国保护大熊猫研究中心成功攻克了圈养大熊猫 “发情难、配种受孕难、幼仔成活难”等三大难关，从1991年到2005年人工繁殖大熊猫60胎87仔，成活75仔，圈养大熊猫总数达到95只。特区政府加快农村改革发展步伐，组织村民参与资源保护、基础设施建设、植树造林、天然林保护和退耕还林（还竹）工程，村民生态保护意识增强，社区经济得到较快发展。

卧龙自然保护区是“全国科普教育基地”、“全国自然保护区示范单位”、四川省“爱国主义教育基地”和“中国最令人向往的旅游胜地”、“中国最令人向往的大熊猫故乡”，受到国内外的广泛关注。